Мануэл Энрике Тавареш Фернандеш вырос в пригороде Лиссабона, где часто играл в уличный футбол с будущим хавбеком «Манчестер Юнайтед» Нани. Он прошел обучение в школе «Бенфики» и дебютировал в составе основной команды в сезоне 2003/04 под руководством Хосе Антонио Камачо. Гол в ворота «Жил Висенте» уже во второй его игре в профессиональном футболе позволил Фернандешу стать самым юным бомбардиром в истории «Бенфики».
В следующем году Мануэл Фернандеш стал игроком стартового состава, и с его помощью «Бенфика» выиграла первый чемпионат Португалии за 11 лет. После двух лет в «Бенфике» и полугодичных аренд в «Портсмут» с «Эвертоном», в 2007 году, Фернандеш подписал шестилетний контракт с «Валенсией».
Впрочем, на деле португальский хавбек выступал за испанский клуб на протяжении трех лет (минус полгода на очередную аренду в «Эвертон»), после чего его трансфер был выкуплен турецким «Бешикташем».
Четыре сезона в Стамбуле – впечатляющий период для Фернандеша. Это 20 голов и 41 результативная передача в 112 матчах, в том числе два голевых паса и реализованный пенальти в выигранном финале Кубка Турции 2010/11.
В 2014 году Мануэл Фернандеш подписал долгосрочный контракт с московским «Локомотивом», где и выступал до последнего времени. В составе «железнодорожников» он выиграл Премьер-лигу (2018) и стал трехкратным обладателем Кубка России (2015, 2017, 2019). В сезоне 2017/18 португалец попал в число 33 лучших футболистов чемпионата России по версии РФС.
Мануэл Фернандеш – атакующий полузащитник, его отличает искусная техника и отличное видение поля. Кроме того, это талантливый исполнитель «стандартов», способный как на удары по воротам по обводящей траектории, так и на качественные подачи.
В настоящий момент все детали перехода Мануэла Фернандеша в «Краснодар» согласованы. 33-летний полузащитник успешно прошел медицинское обследование и подписал с «быками» личный контракт. Он перешел в «Краснодар» в статусе свободного агента.